تحليل التسلسل الجينومي لـ Covid 19 ودراسة العلاقة مع بعض المعلمات البيوكيميائية في العراقيين المصابين

الباحث

رفاه علي صالح

المشرف

علي عبدالرحمن طه - نادرة سلمان محمد

الجامعة

الجامعة التكنولوجية

الكلية / القسم

قسم العلوم التطبيقية / التقنيات الأحيائية

الشهادة

ماجستير

السنة

2022

لغة الرسالة

انكليزي

الكلمات المفتاحية

COVID-19 ; Genomic Sequencing ; Biochemical Parameters ; Iraqi Patients

فيروس كورونا المعروف ب (متلازمة الجهاز التنفسي الحادة) هو المسؤول عن الجائحة العالمية لمرض فيروس كورونا 2019 (COVID-19) (SARS-CoV-2) وتسببت أنواع سلالات ومتغايرات من هذا الفيروس بموجات جديدة في كل دول العالم منذ بداية الجائحة في اواخر سنة 9 وكان هناك are من الطفرات الجينية التي ظهرت بعد النسخة القديمة من سلالة ووهان (A19) ، وهي كالتالي: ألفا / المملكة المتحدة في سبتمبر 2020 ؛ بيتا / جنوب إفريقيا في سبتمبر 0 ؛ جاما / البرازيل في ديسمبر 2020 ؛ Ula / الهند في ديسمبر 2020 ؛ Omicron / جنوب إفريقيا وبوتسوانا في نوفمبر 2021( تم اكتشاف أول Alls إيجابية في العراق في 26 شباط 2020 ، لمريض من محافظة النجف ، وتم الابلاغ عنها رسميا من قبل مختبر الصحة العامة المركزي (CPHL) في بغداد, ومنذ ذلك الوقت الى يومنا هذا والحالات الموجبة مستمرة والفايروس مستمر في انتشاره في جميع أنحاء العراق. كان هدف هذه الدراسة هو الكشف عن المتغير السائد في العراق وتوصيف المتواليات الجينومية لتحديد علاقة شدة المرض مع متغيرات الفيروس والشخص المصاب وربطها بعوامل الخطر المتمثلة ب ( الجنس والعمر والتدخين وفصائل الدم ) للمرضى ¢ وتقدير المستوى لبعض إنزيمات الكبد وبروتينات البلازما أثناء الإصابة ، وتحديد بعض المتغيرات المناعية (كرات الدم البيضاء ، الخلايا الليمفاوية ، IL-10 و IL-18 و ell (TNF- a الإصابة. في هذه الدراسة ، تم جمع 100 عينة من (مسحات بلعومية انفية ) وعينات الدم الوريدي adil المرضى وتشمل (55) من الذكور و (45) من الإناث في الفترة من 1 أكتوبر 2020 إلى 1 فبراير 1 من مستشفى الكندي التي تعتبر من مستشفيات العزل أنذاك ، ومختبر الصحة العامة المركزي ومن مختلف الفئات العمرية تم تصنيف المرضى حسب شدة المرض إلى خمس مجموعات : مرضى من دون اعراض ، اعراض خفيفة ، اعراض معتدلة ، شديدة واشخاص متوفين وكان هذا التصنيف حسب توصيات منظمة الصحة العالمية. وتم الكشف عن الفيروس في مسحات البلعومية الانفية في المختبر بواسطة استخدام تفاعل البلمرة المتسلسل الكمي في الوقت الحقيقي. استندت الدراسة الحالية إلى عوامل الخطر وتأثيرها على شدة المرض (العمر والجنس وفصيلة pall والتدخين) للمرضى الذين تتراوح أعمارهم بين 15 و 90 عامًا ، كانت هناك علاقة خطية موجبة قوية )0.91 = (R2 بين زيادة العمر وزيادة شدة المرض اعتمادًا على شدة المرض ¢ وهناك اختلاف طفيف ذو دلالة إحصائية في عدد الذكور والإناث المصابين. SARS-CoV-2 ، وجد أن الذكور أكثر عرضة للإصابة من GUY في مواقف معينة. علاوة على ذلك ، كان الأشخاص ذوو فصيلة الدم (0) أكثر عرضة للإصابة OY النوع (0) ينتشر على نطاق واسع في سكان الشرق الأوسط أكثر من فصائل الدم الأخرى © بينما أظهر النوع (8) مقاومة أكبر للعدوى ، علاوة على المدخنين وغير المدخنين. تم توزيعها Lil pic بين شدة المرض المختلفة ، وبالتالي ، لم يكن هناك دلالة إحصائية بين حالة التدخين وشدة المرض. أظهر تعداد خلايا الدم البيضاء (WBCs) تقلبات غير منتظمة بين العلاقات متعددة الحدود مع شدة المرض المختلفة. كانت أعلى في الحالات المتوسطة والأدنى في الحالات الخفيفة ، لكن الفرق العام لم يكن ذا دلالة إحصائية. أظهر تعداد الخلايا الليمفاوية علاقة خطية عكسية ذات دلالة إحصائية مع شدة المرض. انخفضت الأعداد بشكل تدريجي من الحالات التي لا تظهر عليها أعراض والحالات الخفيفة إلى الحالات الأكثر حدة. كان الانخفاض أكبر في الحالات الشديدة وبدرجة أقل في الحالات المتوسطة. علاوة على ذلك ،. تم تحديد الإنترلوكينات IL-10) و IL-18 و (TNF- a باستخدام تقنية المقايسة المناعية المرتبطة بالإنزيم (ELISA) أظهرت نتائج جميع الإنترلوكينات المختبرة فروق Gls دلالة إحصائية بين المجموعات ذات شدة المرض المختلفة. كان 11-10 أعلى في الحالات الخفيفة وغير المصحوبة بأعراض وأظهر انخفاضًا ee Gay ai زيادة شدة المرض. أظهر الانحدار hall علاقة عكسية قوية (0.90 = (R مع شدة المرض . بينما أظهر 11-18 انحدارًا متعدد الحدود (0.85 = (R2 مع مستويات متقلبة, لوحظ Si انخفاض في الحالات الشديدة والمتوفاة مقارنة بأعلى المستويات في الحالات الخفيفة. تعرضت مستويات ، -17117 أيضًا للانحدار متعدد الحد ود )0.64 = 19). في البداية تتزايد من الحالات غير المصحوبة بأعراض إلى الحالات الخفيفة ، وانخفضت مستوياتها مع زيادة شدة المرض. أظهرت ثلاثة أنواع من بروتينات البلازما فروق ذات دلالة إحصائية خاصة بين المجموعات المتوفاة. أظهرت مستويات CRP علاقة أسية قوية (0.98 = (R مع شدة المرض. ارتبطت زيادة الشدة بزيادة تدريجية في مستويات بروتين سي التفاعلي, زادت مستويات D-dimer بشكل كبير في حالات الوفاة مقارنة بالمستويات المنخفضة في الحالات الخفيفة والمتوسطة. أظهروا انحدارًا متعدد الحدود (R2 = 0.95( Ud مع شدة المرض ٠ حيث انخفض أولاً من مستوى غير مصحوب بأعراض إلى أدنى مستوى له في الحالات المتوسطة قبل أن يرتفع مرة أخرى إلى أعلى مستوياته في حالات الوفاة. أظهرت مستويات الفيريتين في pall علاقة قوية متعددة الحدود (0.79 = (R2 ، مع مستويات تقلب في شدة المرض المختلفة. شوهدت مستويات ذات دلالة إحصائية في الحالات المتوسطة والشديدة والمتوفاة. من ناحية أخرى ¢ لم تختلف مستويات البوتاسيوم بشكل كبير في جميع المجموعات التي تم فحصها. علاوة على ذلك ، تم فحص ثلاثة إنزيمات كبدية ، وهي ألانين ) alanine aminotransferase ALT ) وأسبارتات aspartate aminotransferase AST ( واختلفت بشكل كبير إحصائيًا في جميع المجموعات ، وكان لكل من الإنزيمات علاقات متعددة الحدود قوية مع شدة المرض ، Cus تزداد تدريجياً من بدون أعراض إلى خفيفة إلى معتدلة ، وتتناقص قليلاً في الحالات الشديدة. قبل ذلك ، كانت هناك زيادة حادة أخرى في معدل الوفيات ¢ بينما أظهر مستوى 11251 فرقًا Lage إحصائيًا ، خاصة في الحالات الشديدة وكان هناك علاقة خطية موجبة قوية )0.90 = (R بين LDH وزيادة شدة المرض. أخيرًا ، تم تحليل التسلسل الجيني لخمسة عينات ، ثلاثة منها تنتمي إلى سلالة ووهان الأصلية (A19) ، والتي كانت أكثر ضراوة في ذلك الوقت وكانت من بين مجموعات المرضى (معتدلة ، شديدة ، متوفاة) وأدت إلى الإصابة. المرضى الذين تم إدخالهم إلى مستشفيات العزل ووحدات العناية المركزة (ICU) ، بينما كانت العزلات الأخرى تنتمي إلى سلالة المملكة المتحدة ( UK Alpha (V1 ، والتي كانت في المجموعتين (الخفيفة وغير المصحوبة بأعراض). تميزت سلالة المملكة المتحدة (UK Alpha V1) بانتشارها السريع ، حيث ظهرت لأول مرة في سبتمبر 2020 في إنجلترا ، والذي يتوافق مع وقت جمع العينات في هذه الدراسة في أوائل عام 2021 ، كما تميزرت بأنها أقل ضراوة من سلالة ووهان واسرع انتشارا ، وهو ما يفسر وجودها بين هاتين المجموعتين أعلاه

The severe acute respiratory syndrome corona virus is the causative agent of the ongoing global pandemic of corona virus illness 2019 (COVID-19) (SARS-CoV-2). There have been a number of gene mutations that have appeared after the old version of the Wuhan strain (19A), and they are as follows: Alpha/UK on September, 2020; Beta/South Africa on September, 2020; Gamma/Brazil on December, 2020; Delta/India on December, 2020; Omicron/South Africa and Botswana on November, 2021). The first positive case in Iraq was discovered on February 26, 2020, in a patient from the governorate of Najaf, and was reported by the Central Public Health Laboratory (CPHL) in Baghdad. Since then, investigations and positive cases for this virus and its variants have been reported throughout Iraq. The study aimed to detect the dominant variant in Iraq and characterization of the genomic sequences to determine the relationship of the severity of the disease with the variant of infected virus concern to biological parameters like; the gender, age, smoking, blood groups of patients, estimate the level of some liver enzymes, plasma proteins during infection, and determine some immunological parameters (WBCs, Lymphocytes, Il-10, Il- 18 IFN-γ and TNF- α) during infection. Nasopharyngeal swabs and venous blood samples were collected from Iraqi patients (100 samples), (55) males and (45) females from 1st of October 2020 to 1st of February 2021 from Al-Kindy Hospital / Baghdad, and Central Public Health Laboratory (CPHL) / Baghdad of different age groups. Patients were classified according to the severity of disease to five groups; asymptomatic, mild, moderate, severe and deceased according to the recommendations of the World Health Organization (WHO). The virus was detected by real-time quantitative polymerase chain reaction . In patients aged between 15 and 90 years, there was a strong positive linear relationship (R2=0.91) between increasing age and increasing disease severity depending on the severity of the disease, a little statistically significant difference in the number of males and females infected with SARS-CoV-2, males were found to be more susceptible to infection than females in certain situations. Moreover, people with blood group (O) were more susceptible to infection because type (O) is more widely spread in the Middle East population than the other blood types, while type (B) revealed more resistance to infection, furthermore, smokers and nonsmokers were randomly distributed among different disease severities and thus, there was statistically non-significant association between smoking status and COVID-19 severity. The white blood cell counts (WBCs) showed irregular fluctuations among polynomial relationships with different disease severities; they were highest in moderate cases and lowest in mild cases, but the overall difference was not statistically significant. Lymphocyte counts showed a statistically significant inverse linear correlation with disease severity; the counts decreased progressively from asymptomatic and mild cases towards more severe forms. The decrease was most significant in severe cases and to a lesser extent in moderate cases. Moreover, interleukins (IL-10, IL-18, and TNF- α) were determined by using the Enzyme Linked Immunoassay Sorbent Assay (ELISA) technique. The results of all tested interleukins showed a statistically significant difference between groups of different disease severity. IL-10 was highest in mild and asymptomatic cases and showed a progressive decrease with increasing disease severity. The linear egression showed a strong inverse relation (R2 = 0.90) with disease severity, while Il-18 showed polynomial regression (R2 = 0.85) with fluctuating levels. The greatest drop was seen in severe and deceased cases in comparison to the highest levels in mild cases. TNF- α levels were also subjected to polynomial regression (R2 = 0.64). Initially increasing from asymptomatic to mild cases, its levels dropped with increasing disease severity. Three kinds of plasma proteins showed statistically significant differences, especially between the deceased groups. CRP levels showed a strong exponential relation (R2 = 0.98) with disease severity. Increased severity was associated with a progressive increase in CRP levels. D-dimer levels were significantly increased in deceased cases in comparison to the low levels in mild and moderate cases. They showed strong polynomial regression (R2 = 0.95) with disease severity, first decreasing from asymptomatic to its lowest level in moderate cases before increasing again to its highest levels in deceased cases. Serum ferritin levels showed a strong polynomial relation (R2 = 0.79), with fluctuation levels in different disease severities. Statistically significant levels were seen in moderate, severe, and deceased cases. On the other hand, potassium levels did not differ significantly in all groups examined. Furthermore, three liver enzymes, alanine aminotransferase (ALT) and aspartate aminotransferase (AST), were examined and differed statistically significantly in all groups, and both enzymes had strong polynomial relationships with disease severity, gradually increasing from asymptomatic to mild to moderate, and decreasing slightly in severe cases. Before, there was another sharp increase in mortality, while the LDH level showed a statistically significant difference, especially in severe cases, and there was a strong positive linear relationship (R = 0.90) between LDH and increasing disease severity. The whole genetic sequence of five samples was determined during this study, three of which belonged to the original Wuhan strain (A19), which was more virulent at that time and was among the patient groups (moderate, severe, deceased) and led to the patients' being admitted to isolation hospitals and Intensive Care Units (ICU), while the other two isolates belonged to the United Kingdom (UK Alpha V1) strain, which was in the (mild and asymptomatic) groups. The United Kingdom (UK Alpha V1) strain was characterized by its rapid spread, as it first appeared in September 2020 in England, which corresponds to the time of sample collection in this study in early 2021; it was also less virulent and spread more quickly than the Wuhan strain, which explains its presence among the two groups mentioned above.

طلب نسخة من الملف

الملفات غير منشورة على الموقع. اترك بياناتك وسيتواصل معك موظفو قسم الشؤون الثقافية والفنون لإرسال النسخة مجاناً.

الاسم

رقم الهاتف

البريد الإلكتروني

الغرض من الطلب (اختياري)

إرسال الطلب