دراسة جزيئية وميكروبيولوجية لتقييم دور بكتريا E.coli على دقة المؤشرات الوراثية لسرطان المثانة CK-19 and UP II

الباحث

هيجاء مزهر خضير

المشرف

اشواق باسم الهاشمي

الجامعة

جامعة بغداد

الكلية / القسم

معهد الهندسة الوراثية والتقنيات الاحيائية للدراسات العليا / الهندسة الوراثية والتقنيات الإحيائية

الشهادة

دكتوراه

السنة

2024

لغة الرسالة

انكليزي

الكلمات المفتاحية

Escherichia coli;Bladder cancer;CK-19;UPII

تعتبر الإشريكية القولونية واحدة من أكثر الكائنات الحية الدقيقة شيوعًا المرتبطة بالتهابات المسالك البولية (UTIs) وهو التهاب المسالك البولية بواسطة مسببات الأمراض الميكروبية. عوامل الخطر الهامة لالتهاب المسالك البولية المتكررة تشمل انسداد المسالك البولية، واستخدام قسطرة المثانة أو الجهاز المناعي الضعيف. lll يمكن استخدام هذه المضاعفات لتطوير سرطان المثانة. يعد سرطان المثانة البولية، أكثر الأورام الخبيثة شيوعاً في المسالك البولية، Sing المرتبة العاشرة عالمياً من حيث تكرار الأورام الخبيثة. كوليباكتين هو سم بكتيري مشفر بواسطة جزيرة 5 المسببة للأمراض والتي تتكون من جينات cIbA-S تهدف هذه الدراسة إلى عزل وتحديد بكتيريا الإشريكية القولونية من المرضى الذين يعانون من سرطان المثانة وعدوى المسالك البولية، وجين الكشف المحدد ل widA لجين الإشريكية القولونية وجين HlyA والكشف عن السموم الجينية 4 وتقييم مستويات المصل لعلامة ورم المثانة CK-19) - 7211]) في كل من المرضى والسيطرة. وتضمنت جمع 100 عينة بول ودم (50 عينة اشخاص اصحاء و50 مريضاً) تراوحت أعمارهم بين (85-30) سنة وشملت كلا الجنسين. وأظهرت النتائج التي تم الحصول عليها من المرضى أن الذكور أكثر LAG من الإناث؛ وبلغت نسبة الذكور )%92( والإناث (08,). من ناحية أخرىء تأثرت الأعمار أيضاً بحدوث سرطان المثانة، وفي الدراسة الحالية كانت الفئة العمرية الأكبر سناً أكثر تأثراً بسرطان المثانة من الأعمار الأصغرء وقد شوهدت فروق ذات دلالة إحصائية عالية (0.0084). أظهرت البيانات المجمعة من المرضى الراقدين أن 9034 من الحالات كانوا مدخنين شرهين 5-0.0237. تم التعرف على عزلات الإشريكية القولونية بالطرق الميكروبيولوجية الروتينية ونظام VITEK-2 للحصول على نتائج أكثر دقة. أظهرت اختبارات الحساسية للمضادات الحيوية باستخدام تقنية الانتشار القرصي ضد 14 مضاد حيوي مختلف أن الإشريكية القولونية لديها أعلى مقاومة للسيفترياكسون )%82( السيفوتاكسيم والتتراسيكليك )%78( السيفيكسيم )%76( السيفتازيديم والأمبيسلين )%74( بينما كانت المقاومة lil عند سيفيبيم (068)، في حين كانت المقاومة متوسطة عند سيفالوثين (9/50)، سيفالكسين وأزيترينام (9040). أظهرت الدراسة الحالية أن الإشريكية القولونية تمتلك مقاومة منخفضة المستوى ضد أميكاسين (9034)، سيبروفلوكساسين )6(%28 إيميبينيم )%16( وجنتاميسين (9,052). تم استخدام تقنية تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) مع بادئات محددة لتأكيد تحديد هوية الإشريكية القولونية. تم استخدام جين CIDA كعلامة رئيسية بالإضافة إلى جينات cwidA s 4 والتي تقع بشكل وثيق على الكروموسومات. أظهرت جميع العزلات الخمسين )%100( من بكتيريا :01ح .2 نتائج إيجابية للجينات التشخيصية المحددة (144:): وأظهرت 9 )12 %( عزلات نتيجة إيجابية لجين (AIA) في حين أظهرت 4 )%5.71( فقط من العزلات نتيجة إيجابية لجين السم الوراثي (CIDA) قدمت هذه النتائج بيانات أساسية أساسية، والتي من شأنها أن تساهم في فهم حقائق وبائيات الأنماط الظاهرية السامة للجينات للإشريكية القولونية وعواقبها السريرية. تم الكشف عن مستويين من علامات الورم (UPILs CK-19) باستخدام مجموعات ELISA في المرضى. من ناحية cs al تم جمع خمسين عينة من الأشخاص الأصحاء لمقارنة مستويات علامة الورم المناعية (UPIDs CK-19) ومعدل الإصابة بالإشريكية القولونية في المسالك البولية. أظهرت النتائج أن هناك DGS! كبيرًا مع حالات التحكم (قيمة 0.001 = م)، وكانت الحساسية Ase sills الإجمالية %76 و9092 ل ‘CK-19 و9064 و9094 ل 1211] في مجموعة المرضى. كما تم إجراء التسلسل والمحاذاة والتعرف على جين clbA لعزلات E.coli المحلية باستخدام قاعدة بيانات المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية ،(NCBI) والتحليل الوراثي للتسلسل الجيني لأربعة سلالات E.coli عراقية معزولة من مرضى UTI و BC . ارتبط التجميع الجغرافي للعزلات بقوة ب IRQ/LC773715.1 وألمانيا وأيرلندا ودول أخرى. تم تسجيل العزلات الأربع في NCBI برقم الانضمام ‘LC811799 ،LC811798 ،LC811797) (LC8118005 على التوالي.

Escherichia coli has been considered as one of the most common microorganisms associated with Urinary tract infections (UTIs), which is the inflammation of the urinary tract by microbial pathogens. Important risk factors for recurrent UTI include obstruction of the urinary tract, use of a bladder catheter or a suppressed immune system. So, these complications may be used to develop bladder cancer. Urinary bladder cancer, the most common malignant tumor in the urinary tract, ranks tenth globally in terms of malignant tumor frequency. Colibactin is a bacterial toxin encoded by pks pathogenicity island which is composed of clbA-S genes. This study aims to isolate and identify E. coli bacteria from patients with bladder cancer and urinary tract infection, detection of clbA genotoxin, the uidA specific detection gene of E. coli and HlyA gene and evaluate serum levels of bladder tumor marker (CK-19 and UPII) in both patients and control. It includes the collection of 100 urine and blood samples (50 control and 50 patients) of ages ranged between (30-85) years old and both sexes were included. The results obtained from the patients revealed that the male is more affected than female; the percentage of male was (92%) while female was (8%). On the other hand, ages were also affected the occurrence of bladder cancer, and in the current study, the older age group was more affected with bladder cancer than younger ages and a highly significant differences were seen p-value (0.0084). The collected data from the recumbent patients showed that 34% of the cases was heavy smoker P=0.0237. E. coli isolates were identified by routine microbiological methods and VITEK-2 system for more precise results. Antibiotics susceptibility tests were performed by using disc diffusion against 14 different antibiotics showed that E.coli with highest resistance to Ceftriaxone (82%) , Cefotaxime and Tetracyclic (78%) , Cefixime (76%) ,Ceftazidime and Ampicillin (74%), while there was less resistance at Cefepime (68%) On the other hand, moderate resistance Cephalothin (50%), Cephalexin and Azetrenam (40%). The current study demonstrated that E.coli possessed a low-level resistance against Amikacin (34%), Ciprofloxacin (28%), Imipenem (16%), and Gentamycin (52%). The polymerase chain reaction (PCR) technique with specific primers were used to confirm the E. coli identification. clbA gene was used as a main marker in addition to HlyA and uidA genes, which are closely located on chromosomes. All the 50(100%) isolates of E. coli showed positive results for the specific diagnostic tested genes (uidA), 9(12%) isolates showed a positive result for (HlyA) gene, while only 4(5.71%) isolates had the (clbA) genotoxic gene. These findings provided essential baseline data, which would contribute to understanding facts of the epidemiology of possibly genotoxic phenotypes of E. coli and their clinical consequence. Two tumor markers levels (CK-19 and UPII) were detected using ELISA kits in the patients. On the other hand, a fifty sample were collected from healthy people to compare the levels of immunological tumor marker (CK-19 and UPII) and the incidence of E. coli infection in the urinary tract. The outcomes showed that there is a significant difference with the control cases (p-value= 0.001), the overall sensitivity and specificity were 76% and 92% for CK-19, 64% and 94% for UPII in patients group. Also the sequencing, alignment and identification for clbA gene of E.coli local isolates by using the National Center for Biotechnology Information (NCBI) database, Phylogenetic analysis of the gene sequence of four Iraqi E.coli strain isolated from UTI and BC patients were done. The phylogeographic grouping of isolates was strongly associated with IRQ/LC773715.1, Germany, Ireland, and other countries. The four isolates were recorded in the NCBI with an accession number (LC811797, LC811798, LC811799, and LC811800) respectively.

طلب نسخة من الملف

الملفات غير منشورة على الموقع. اترك بياناتك وسيتواصل معك موظفو قسم الشؤون الثقافية والفنون لإرسال النسخة مجاناً.

الاسم

رقم الهاتف

البريد الإلكتروني

الغرض من الطلب (اختياري)

إرسال الطلب