التشخيص الجزيئي للبكتريا الخيطية الفعالة حيوياً ضد جراثيم ESKAPE
Molecular Detection of Bioactive Actinobacteria against ESKAPE Bacteria
- الباحث
- مريم حازم عبدالجبار عثمان الحيالي
- المشرف
- طلال سبهان صالح
- الجامعة
- جامعة الموصل
- الكلية / القسم
- كلية العلوم / قسم علوم الحياة
- الشهادة
- ماجستير
- السنة
- 2022
- لغة الرسالة
- انكليزي
- الكلمات المفتاحية
- Actinobacteria ; ESKAPE Pathogens ; Antimicrobial Resistance ; Molecular Detection
الملخص
يعد ارتفاع مستويات مقاومة مضادات الميكروبية أحد أكبر التهديدات العالمية للصحة العامة مع الاهتمام الدولي. تم وضع asl ، Acinetobacter baumannii مسببات الأمراض ESKAPE ، حيث توضع على رأس قائمة البكتريات التي تشير الى عدوى المستشفيات , تعتبر مقاومة لمجموعة واسعة من المضادات تقريبا , تقريبا جميع أصناف المضادات بما في ذلك الكاربابينيم. في هذه الدراسة، تم جمع ١١5 عينة , 57 عينة من الترب من مواقع مختلفة شمال العراق ومناطق أخرى , 75 عينة سريرية من مسحات من الفم وألانف من المرضى الذين يعانون من التهابات الجهاز التنفسي من مستشفى الشفاء وعيادتين طبيتين خاصتين في مدينة الموصل لمدة ثلائة أشهر للفترة بين (ديسمبر 7٠١5١ إلى فبراير 055”) . باستخدام نهج ade للغاية، تم أستزراع وتنقية بكتريات المرضيه على HiCrome™ ،Acinetobacter Agar وتم عزل سبعة Dawmannii .4 السريرية وتأكيدها مع 45 م على وسط الزرعي Acinetobacter Agar HiCrome™ وأختبار IMVIC وتحليل سلسلة لجين gyrB ,ظهرت عزلات A. baumannii ستة أنواع من التسلسل (STs) وأظهرت مقاومتها للعديد من المضادات (MDR/XDR) , أظهرت عزلات A. baumannii مقاومتها للأوكساسيلين والأموكسيسيلين والكلينداميسين نسبة )+0 )7( في حين أظهرت العديد منها مقاومتها للتتراسيكلين بنسبة (HAT) أزيثروميسين بنسبة (ZV) سيفيبيم بنسبة (51/) لكل وأحدة منهم . من ناحية أخرىء كانت جميع العزلات حساسة للإيميبينيم )+6 (ZV ، بينما كانت الحساسية للكلورامفينيكول والليفوفلوكساسين والسيفترياكسون (ZEN) تم توضيح الخصائص الزرعية ل 47 سلالة مزروعة على أوساط (ISP2-ISP7) ISPs .ثم تم اختيار ISP-3 و ISP-5 كوسيلة نموذجية للتحقق من صحة أرقام ألوان RGB كطريقة تمايز محتملة للسلالات البكتيرية البروتينية.كما تم أستخدام بكتريات مرضية قياسية13[ 1514 (K. | pneumoniae (E. coli ATCC 25922), (S. aureus ATCC 43300) (P. aeruginosa ATCC (A. baumannii ATCC 19606) © ATCC 700603) )27853 , وبكتريات مرضيه )23857 P. baetica strain (B. subtilis ATCC )2390( , كانت عشرة من EY عزلة أكتينوبترية نشطة حيويا ضد اختبار SESKAPE pseudomonas paetica pathogens sBacillus subtilis عند استزراعها على اوساط [SPs تحت نظام سلالة واحدة لعدة مركبات كانت MT26 السلالة قادرة على تثبيط نمو واحدة من jal) لات السريرية A. baumannii كانت عشرة من أصل 42 عزله نشطه بايولوجيا ضد أختبار ESKAPE ويكتريات المرضيه Bacillus subtilis و pseudomonas paetica عند key} على أوساط ال ISPs تحت نظام سلاله واحدة لعدة مركبات (OSMAC) كانت العزلة 26 MT لسلاله Streptomyces قادرة على تثبيط نمو عزله سريريه واحده من A. DaUANNIT عند زرعها على وسط كما تمثلت الست عزلات بأظهار نشاط مضاد للميكرويات ضد كل او معظم البكتريات المختبريه المتسلسله بأستخدام جين FRNA 165 تمت مقارنة هذه التسلسلات مع تسلسلات الاكتينو الاخرى الموجودة في قاعدة البيانات لبنك السلالات للعثور على أفضل تشابه وسلالات مرجعيه قريبه لعزلاتنا ,تم التعرف على خمسه من السلالات المتسلسله على أنها انواع Streptomyces sp. وتم تحديد واحده كسلاله أكتينو نادرة لنوعء Cus Lenteza قدمت أرقام أنضمام بنك الجينات لتسلسل النكليوتيدات لدينا وأودعت في NCBI وكشفت النتائج التي تم الحصول عليها من تسلسل الجينوم بأكمله ) (WGS باستخدام تقنية lon Torrent وتعليق الجينوم بأستخدام أداة RAST للمعلوماتية الحيوية و (genomemining) لمجموعات الجينات الحيوية (BGCs) بأستخدام قاعدة بيانات المعلوماتية الحيوية 851/511 ان عزل 1129 Streptomyces تضم 35 من 605 المفترضه لاصناف متميزة لايض ثانوي حيوي . تكون ذات 56505 ريما تكون ذو مصادر غنيه بالمركبات الطبيعيه الجديده لم تكن مكتشفة تحت ظروف مختبريه قياسيه ضمن أجناس البكتريه الاكتينيه
Abstract
Rising levels of antimicrobial resistance is one of the greatest global threats to public health with international attention. Acinetobacter baumannii, one of the ESKAPE pathogens, is placed on the top list bacteria leading to nosocomial infections with a wide range of antibiotic resistance for almost all classes of antibiotics including carbapenem. In this study, 114 samples were collected 42 from soils from different locations north of Iraq and other areas and 75 clinical specimens for swab were collected from patients suffering from respiratory tract infections from Al- Shifa Hospital and two private medical clinics in Mosul city for a period of three months (December 2021 to February 2022). Using a very restricted approach, the speciemens were cultured and purified on HiCromeTM Acinetobacter Agar medium, seven clinical A. baumannii isolated and confirmed with 44°С on HiCromeTM Acinetobacter Agar medium and IMViC then gyrB gene sequencing. The A. baumannii isolates showed six sequence types (STs) and exhibited different multi-drug/extended-drug resistant (MDR/XDR) regimes. All the A. baumannii isolates were resistant to oxacillin, amoxicillin and clindamycin (100%), whereas exhibited various resistance profiles to tetracycline (86%), azithromycin (71%), cefepime (57%). On the other hand, all the isolates were sensitive to imipenem (100%), whereas sensitivity to chloramphenicol, levofloxacin and ceftriaxon was (43%). The cultural characteristics of 42 of actinobacterial strains were elucidated on International Streptomyces Project media (ISP2-ISP7). ISP- 3 and ISP-5 media were chosen as a model media for validation RGB (red green blue) colour digits as a potential differentiation method for actinobacterial strains. Ten of 42 isolates were biologically active against tested ESKAPE, Bacillus subtilis and Pseudomonas paetica pathogens when cultured on different ISPs media under the OSMAC (One strain multiple compound) approach. Streptomyces sp. strain MT26 was able to inhibit the growth of one clinical A. buamannii isolate when cultured on ISP-3 medium after 50 days. Six representative isolates that exhibited antimicrobial activity against all or almost tested bacteria were sequenced using 16S rRNA gene. The sequences were compared with those of other actinobacterial strains that are found in Genebank database to find the best similarity and the close reference strains to our isolates. Five of the sequenced strains have been identified as Streptomyces species and one was identified as a rare actinobacterial strain Lentzea species. Genebank accession numbers of our nucleotide sequences have been provided and deposited in the NCBI. The results obtained from the whole genome sequencing (WGS) using Ion Torrent technology, genome annotation using RAST bioinformatics tools and genome mining for biosynthetic gene clusters (BGCs) using AntiSMASH bioinformatics database revealed that the isolate Streptomyces MT29 harbor 35 putative BGCs of differential classes of biosynthetic secondary metabolites. Some of these BGCs may be rich sources for new natural compounds that have not been discovered under standard laboratory conditions within the genera of actinobacteria.
طلب نسخة من الملف
الملفات غير منشورة على الموقع. اترك بياناتك وسيتواصل معك موظفو قسم الشؤون الثقافية والفنون لإرسال النسخة مجاناً.