التشخيص المظهري والجزيئي لبكتيريا Stenotrophomonas maltophilia المعزولة من عينات سريرية في مدينة الموصل

الباحث

بسيمة محمد علي حسين المطيوتي

المشرف

اسراء غانم حازم السماك

الجامعة

جامعة الموصل

الكلية / القسم

كلية العلوم / قسم علوم الحياة

الشهادة

ماجستير

السنة

2023

لغة الرسالة

انكليزي

الكلمات المفتاحية

Stenotrophomonas maltophilia ; Molecular Diagnosis ; Clinical Isolates ; Antibiotic Resistance

| خلال الفترة من شهر تموز الى كانون الاول من سنة, 2022 تم الحصول على احدا عشر عزلة للنوع البكتيري Stenotrophomonas. maltophilia من مجموع 375 عينة والتي تضمنت 349 عينة سريرية بالإضافة الى 26 مسحة من أسطح الاجهزة الطبية, العينات جمعت من مستشفيات عدة في مدينة الموصل ( مستشفى السلام التعليمي - مستشفى الموصل العام - مستشفى الجمهوري التعليمي - مستشفى الامراض الصدرية - مستشفى ابن سينا التعليمي - مركز الحروق التخصصي). أستخدمت الاختبارات الكيموحيوية ونظام VITEK-2 للتعرف على العزلات غير المخمرة للاكتوز والعزلات السالبة لاختبار الاوكسديز. وكانت أعلى نسبة لبكتريا maltophilia .5 من العينات المأخوذة من عدوى المسالك البولية وبنسبة 9/45(5)مقارنة بمواقع العدوى الاخرى.فيما كانت نسبة العزلات المأخوذة من الحروق,9618(2) ومن القشع والمأخوذة من مرضى التليف الكيسي بلغت 2 ,(9618) بالاضافة الى %9)1( من العزلات من كل من الجروح والاجهزة الطبية بينما لم يتم الحصول على عزلات من الحلق والدم وعينات سائل النخاع الشوكي. نسبة المقاومة للأموكسيسيلين والجنتاميسين والأميكاسين )%100( ، سيفيكسيم (9091) ، إيميبينيم )%64( ، الميروبينيم (4655) ، أزيثروميسين )%36( ، حمض الناليديكسيك وتريميثويريم (4618) ، سيبروفلوكساسين )0%( وكانت جميع العزلات لها القدرة على إنتاج إنزيم بيتا لاكتاميز. أظهرت النتائج أن )%55( من العزلات كانت قادرة على إنتاج الطبقة الهلامية على وسط اكار الكونغو بينما نتيجة تكوين الغشاء الحيوي باستخدام طربقة الانابيب كانت %45)5( عزلات شديدة الالتصاق 4¢ )%36( ذات إنتاجية متوسطة . %9)1( ضعيفة الالتصاق و %9)1( عزلات غير ملتصقة بينما كانت قدرة Smaltophilia بواسطة الصفيحة العيارية كانت النسبة قوبة الالتصاق8 )%73( ، معتدلة الالتصاق 9027(3). تمت دراسة عوامل الضراوة الخارج خلوية في maltophilia .5 ، وأنتجت جميع السلالات ال(11)بنسبة 100 % كل من( Siderophores ، البروتياز ، والليباز) وانتجت DNase بنسبة )%73( و )%64( للجيلاتيناز و )%45( إنتجت الليسيثيناز. جميع سلالات Smaltophiliad) ، انتجت المواد الحبوية الفعالة سطحيا باستخدام طريقة تشتت الزيت وطرق الانهيار باستخدام زيت الزيتون كمصدر للنيتروجين الذي اعطى أعلى معدل إنتاج من الجلسرين. تم إجراء التشخيص الجزيئي باستخدام جين LOSrRNA العام ل 14 عزلة ، وتم تحديد التسلسل باستخدام BLAST ضمن71081 ، وأظهرت النتائج أن 11 منها تنتمي إلى النوع البكتيري 0 071101 بينما العزلات ADU المتبقية تنتمي إلى النوع Enterobacter hormaechei وعندما تم تاكيد التش خيص الجزيئي باس تخدام بادئات محددة مصممة في الدراسة الحالية للكشف عن جين 23511614 وتبين ان السلالات( 11)كلها تعود لنوع. 0+ ,تضخمت عند 816 زوج قاعدي. كشفت شجرة التطور لجميع العزلات التي تعتمد على 1OSrRNA Gas عن ثلاث مجموعات رئيسية A و 8 و 0)،المجموعة +/ضمنت عدد 9 من السلالات على مستوى تشابه( 99.8696و المجموعة الثانية B ضمنت سلالتين على مستوى تشابه(99.8896) والثالثة C ضمنت ثلاث سلالات على مستوى تشابه )99.88%( ، تم ادخال جميع السلالات لبنك الجينات NCBI وتم ضمن ارقام السلسلة . أثناء دراسة العلاقة التطورية بين السلالات 23SrRNA le ely ، اجتمعت سلا لات5.71011027/111110 في عنقودين 4 و .83 اذ ارتبطت سبعة سلالات في المجموعة A عند مستوى تشابه )99.99%( وعزلتين في المجموعة 8 عند مستوى تشابه(7/98.88). تم ادخال جميع التسلسلات في بنك الجينات و إعطاؤهم أرقام السلسلة. أظهرت نتائج تض خيم PCR للجين fimv المصمم خلال الدراسة الحالية بين عزلات 0 أن )73% ( من العزلات أعطت نتائج إيجابية عند 736 زوج قاعدي. gli ت نتائج تضخيم PCR لجين smgnr بين عزلات maltophilia .5 أن عزلة واحدة فقط )9%( أعطت نتيجة إيجابية لهذا الجين ¢ بينما أعطت جميع العزلات نتائج سلبية للجين int] و SUul-1.

During the period from July to December (2022),11 strains of Stenotrophomonas maltophilia were obtained from 375 samples including (349) clinical samples, in addition to (26) Swabs from the surfaces of medical devices collected from (Asalam teaching hospital, Mosul general hospital, Aljumhurii teaching hospital, Chest Diseases Hospital, Ibi Sina teaching hospital, and Specialized burn center) in Mosul City. Biochemical tests and VITEK-2 compact system were used to identify the non lactose fermented and oxidase-negative isolates.Results showed that S. maltophilia was identified in 11 strains of all bacterial isolates, the highest percentage 5 (45%) of S. maltophilia was isolated from urinary tract infection compared to other sites of infections. Other isolates were recovered from burn infections were 2(18%) and 2(18%) of strains from cystic fibrosis patients sputum, in addition to1 (9%) of strains from each of wound and medical devices. While no isolates were recovered from throat, blood and CSF samples. The resistance percentage to the ampicillin , gentamicin, and amikacin (100%), cefixime (91%), imipenem (64%), meropenem(55%), azithromycin (36%),nalidixic acid and trimethoprim (18%) and ciprofloxacin(0%). All strains have the ability to produce beta-lactamase enzyme when tested by iodometric method.Morever , results showed that (55%) of isolates were able to produce a slime layer. The results of detection of biofilm formation by tube method showed that (45%) of isolates were strongly adherent, (36%) had moderate productivity, (9%) weakly adherent and (9%) isolates were non-adherent while ability of S.maltophilia to form biofilm by microtiter plate method was strong (73%), moderate (27%). Extracellular virulence factors of S. maltophilia were studied. All (11) isolates of S.maltophilia (100 %) were produced Siderophores, protease, and lipase, (73%) produce DNase, (64%) produced gelatinase and (45%) produced lecithinase. As the biosurfactants production were investigated, S.maltophilia didnot show any hemolysis, while all isolates gives positive results for the oil dispersion and drop collapse methods using olive oil as a nitrogen source giving highest production rate of biosurfactant than glycerol. Molecular diagnosis was carried out using universal 16S r RNA gene for 14 understudy isolates.The sequences were determined usingBasic Local Alignment Search Tool (BLAST) inNational Center for Biotechnology Information (NCBI). Results showed that 11 of them belong to Stenotrophomonas maltophilia , while the three remaining isolates belong to Enterobacter hormaechei. Also, when molecular diagnosis was carried out using the designed specific primers that were designed in the current study for detecting 23S rRNA gene, the eleven isolates belong to S.maltophilia that amplified at 816 bp. Phylogenetic tree of all isolates that based on 16S rRNA gene revealed three main clusters A,B and C.Stenotrophomonas maltophilia clustered on A, and B, while Enterobacter hormaechei on C. The first cluster A contained 9 strains with the bootstrap value was (99.86%), the second cluster B with the bootstrap value of (99.88%) and the third cluster C with the bootstrap value of (99.88%).All sequences were submitted to the gene bank (NCBI) and were given the accession numbers. While studying the phylogenetic relationship between the strains based on 23S rRNA revealed that S.maltophilia clustered in A and B. Seven isolates linked in cluster A with a bootstrap value of (99.99%) and two isolates in cluster B with a bootstrap value (98.88%). All sequences were submitted to the gene bank (NCBI) and were given the accession numbers. The results of PCR amplification of the fimv gene that is designed during the current study among S.maltophilia isolates showed that (73%) of isolates give positive results at 736 bp. The results of PCR amplification of the smqnr gene among S. maltophilia isolates showed that only one isolate (9%) give positive result for this gene,while all isolates gave a negative results for int1 and sul-1 genes.

طلب نسخة من الملف

الملفات غير منشورة على الموقع. اترك بياناتك وسيتواصل معك موظفو قسم الشؤون الثقافية والفنون لإرسال النسخة مجاناً.

الاسم

رقم الهاتف

البريد الإلكتروني

الغرض من الطلب (اختياري)

إرسال الطلب