تحليل التتابع الجينومي الكامل لبكتريا Morganella morganii المعزولة من التهابات المسالك البولية في مدينة الموصل

الباحث

مؤمن محمد خضر أسمر الحياني

المشرف

سحر سالم بطرس

الجامعة

جامعة الموصل

الكلية / القسم

كلية العلوم / قسم علوم الحياة

الشهادة

ماجستير

السنة

2024

لغة الرسالة

عربي

الكلمات المفتاحية

Morganella morganii ; التتابع الجينومي الكامل ; التهابات المسالك البولية ; مدينة الموصل

جمعت 170 عينة سريرية من المرضى الراقدين والوافدين إلى مستشفى الموصل العام ومستشفى الجمهوري التعليمي في مدينة الموصل من ايلول/ 2022 إلى كانون الثاني/ 2023. تضمّنت العينات 70 عينة bal و 40 مسحة من الجروح و 60 مسحة الحروق. زرعت على وسط آكار الماكونكي ووسط آكار الدم، حضنت ب 37”م مدة 24 ساعة. شخّصت المستعمرات النامية بالاعتماد على الطرق التقليدية وباستخدام 2015 API و ،Vitek -2 Compact System إذ تم عزل 4 عزلات من بكتريا Morganella morganii من عينات الادرار البالغة 70 عينة فقط بنسبة 765.7، فيما لم تعزل من عينات الجروح والحروق. تم تأكيد تشخيص العزلات الأربعة بالطريقة الجزيئية بالاعتماد على تتابعات الجين 16S rRNA اظهرت النتائج أن العزلات تابعة لنفس النوع .M. morganii أظهرت العزلات مقاومة عالية للمضادات الحيوية المستخدمة في الدراسة، إذ كانت نسبة مقاومتها 100 6 لكل من Ampicillin و Ceftriaxone و Cefotaxine و -Cefixime بينما بلغت المقاومة لكل من Lad :7075 Doxycycline, Gentamycin كانت 9650 لكل من Meropenem و ،Levofloxacin s Imipenem ; %25 لل -Ciprofloxacin اختيرت العزلة التي أعطت أعلى نسبة مقاومة %100 للمضادات الحيوية لإجراء اختبار قدرتها على تكوين الطبقة المخاطية باعتماد نموها على وسط آكار الكونغو. تم إيداع جينوم هذه العزلة والتي سجلت في بنك السلالات العالمي بالاسم Morganella morganii strain MS-27iq في بنك السلالات الامريكي Pur ربي والياباني وسجل الجينوم بالرقم التسلسلي JAUPWO000000000 وعدت العزلة الاولى محليا التي تم تحليل جينومها. إذ أظهرت النتائج أن طول الجينوم الكلي بلغ 3,908,586,bp وعدد contigs بلغ 135، والنسبة المئوية لمحتوى الكوانين والسايتوسين 451.64. LS أنه يحتوي على 3695 جين مشفر للبروتين protein_coding genes ، و 44 جين كاذب pseudogenes ، فضلا عن 72 من جينات الحامض النووي الرايبوزي -RNA genes 0 الخااصضة 2 يح 1[ الل اعتماداً على التحليل الجينومي تم الكشف عن ages العديد من جينات المقاومة للمضادات الحيوية التي تشفر إلى ثلاث اليات مقاومة وهي تعطيل المضاد الحيوي وتحوير هدف المضادء وانظمة الدفق. كما تم تحديد العديد من الجينات المشفرة لعوامل الضراوة منها ما يتعلق بتركيب البكترياء كالأسواط والخمل ومتعدد السكريات الدهني؛ وانظمة الافراز، إذ تبين انها تمتلك ثلاثة انظمة افرازية وهي النوع الاول والثاني والثالث؛ فضلا عن امتلاكها النظام الثنائي العناصرء وحاملات الحديد. كما احتوى الجينوم على الجينات المشفرة لعوامل الضراوة المفرزة مثل انزيم اليوريز والهيمولايسين والانزيم المحلل للكلوبيولين المناعي نوع (IZA)A كما تم تسجيل احتواء العزلة الممرضة على الجين Ade المنتج للهستامين، وعدد من الجينات المشفرة لإنتاج البكتريوسينات وبعض السموم القاتلة للحشرات. رسمت الشجرة التطورية لبكتريا Morganella morganii MS-27ig المعتمدة على الجينوم الكامل باستخدام برنامج FastME 2.0 program المدمج مع البرنامج Type strain ،genome server إذ اظهرت تطابقا مع السلالة Morganella morganii NBRC3848 المسجلة في المركز الوطني لمعلومات التقانات الحيوية National Center for (NCBI) ،Biotechnology Information وانهما يقعان في عنقود واحد. رسمت الشجرة التطورية لبكتريا Morganella morganii MS-27ig المعتمدة على مدى تماثل تتابعات الجين rRNA 165 الخاصة بها مع التتابعات الموجودة في قاعدة بيانات NCBI باستخدام al MEGA-11 software تبين ان البكتريا ad الدراسة اظهرت تشابها مع JS من 25830 Morganella morganii ATCC و 14850 Morganella DSM morganii و Morganella morganii HIr بنسب مئوية قدرها %99.79 و 7,099.19 و 8 على التوالي.

a In the present study (170) clinical samples were collected from inpatients and outpatients attending Mosul General Hospital and Al- Jumhoory Teaching Hospital during the period September 2022 – January 2023. These samples included (70) urine samples, (40) wound swabs and (60) burn swabs. All samples were inoculated on MacConkey and Blood agar and incubated for 24 h. at 37 °C. Colonies were then identified using conventional methods, API 20E, and Vitek -2 Compact System. Four isolates of Morganella morganii were obtained from 70 urine samples ( 5.7% ) , however it was not isolated from neither wound or burn samples. Identification was confirmed using molecular methods implementing 16S rRNA gene sequencing. Results showed that all four isolates belong to the same species M. morganii. All four isolates demonstrated antimicrobial resistance to the antibiotics used in the current study. It showed 100% resistance to each of Ampicillin, Ceftriaxone, Cefotaxine and Cefixime, 75% resistance to Gentamycin and Doxycycline, 50% resistance to Meropenem,Imipenem and Levofloxacin and finally 25% resistance to Ciprofloxacin . The isolate which demonstrated 100% antibiotic resistance was chosen for biofilm production test on Congo agar. The Bacterial genome was recorded and preserved in NCBI, ENA and ODBJ by the name Morganella morganii strain MS-27iq. The Genome was given an accessions number of JAUPWOooooooooo. It was also considered the first local genome analyzed strain. It was shown that the total gene length was 3,908,586 bp, the number of contigs is 135 b and the percentage of guanin cytocin ratio is 51.64% . It also consists of 3695 protein coding genes , 44 pseuogenes and 72 RNA genes. Genome analysis revealed the presence of many antibiotic resistant genes encoding three mechanisms: Antibiotic inactivation, modification of the antibiotics target site, and efflux system. Also many structural virulent factor encoding genes such as flagella , pilli, fimbria, and lipopolysaccharide . In addition , it was found that it has three secretory systems; type I,II, and III; two- component system, and iron carriers. The genome also possesses secretory virulent factors encoding genes like urease , hemolysin and immunoglobulin A( IgA) lytic enzyme. The pathogenic isolate also carries hdc gene which is responsible for histamine production in addition to many others bacteriocin and insecticide encoding genes. The phylogenetic tree for Morganella morganii MS-27iq was illustrated depending on the whole genome using FastME 2.0 program combined with Type strain genome server. The strain demonstrated compatibility with Morganella morganii NBRC3848 registered in NCBI and that they belong to the same cluster. The phylogenetic tree for Morganella morganii MS-27iq was also illustrated according to compatibility of 16S rRNA gene sequencing with the NCBI database using MEGA-11 software. The isolate used in the present study showed similiarity with Morganella morganii ATCC 25830 and Morganella morganii DSM 14850 and Morganella morganii H1r by 99.79%, 99.19% and 98.98% respectively.

طلب نسخة من الملف

الملفات غير منشورة على الموقع. اترك بياناتك وسيتواصل معك موظفو قسم الشؤون الثقافية والفنون لإرسال النسخة مجاناً.

الاسم

رقم الهاتف

البريد الإلكتروني

الغرض من الطلب (اختياري)

إرسال الطلب